医療費控除について

治療のための薬代であれば医療費控除の対象になりますが、会社からの補償等があれば医療費からその補償分を引いた金額が医療費控除の対象になると思います。

補足します。
会社からの薬代の補償は、医療費自体の補償なので、差し引いて計算すべきと考えます。

医療費に関して給付を受けるもののうち、補てん金として差し引いて計算するものと、補てん金には当たらないとして差し引かないものがあり、境目が分かりずらく感じるケースがあります。

両者の違いは、給付の目的で判断することになると思います。
入院給付金や手術給付金のように医療費の補てんを目的としたものは、差し引いて計算します。
これに対して、出産手当金や傷病手当金、見舞金は補てん金ではないため、差し引きません。
出産手当金や傷病手当金は、出産や傷病に関連した休業による収入の補てんが目的です。