確定申告で請求書等がない場合

ご回答します。

ご質問の趣旨は、下記の①②という前提でご回答します。
①売上のうち、通帳の入金はあるが、請求書の発行していないものの取り扱い
②経費で、領収書などがないものの取り扱い

まず、個人の所得税の確定申告では、青色申告・白色申告を問わず、収入金額や必要経費を記載した帳簿のほか、取引に伴って作成した帳簿や棚卸表、請求書、領収書などの書類を保存する必要があります。

この請求書や領収書の保存がないことによって、すぐさま、申告が認められない、ということは実務上はありませんが、金額が多額な取引で保存がない場合は、税務調査にて問題となり、場合によっては反面調査（相手先への調査）に発展することがありますので、デメリットのみが発生する、と考えます。

ご質問の①については、売上先が振込入金しているのであれば、請求書でなくともメールや見積もりなどの請求書に代わるものがあるはずですので、これを保存しておくのが良いでしょう。

②については、交通費など一般的に領収書が発行されない経費については、保存の必要はなく（保存することは不可能）、帳簿に記載すれば必要経費として処理できます。
多額となる場合や、件数が多い場合は、別に記録を残しておくことをお勧めします。

ご参考にしてください。