土地売却額を分割で受け取る間に別の譲渡所得が発生した場合

１．譲渡代金の支払いごとに持分登記するのであれば、それぞれ別取引と考えて、３年に分けて申告すれば良いと思います。ただし、売買契約を３年に分ける必要があります。税務署の回答は、代金を３年に分割して受け取り、登記を一括で変更すると認識されたのではないでしょうか。
２．３．　３年に分割して申告する場合は、別件の譲渡所得がある年分について、両方とも申告する必要があります。ただし、山林の譲渡については分離課税となり、他の所得とは分離して、税率を適用します。宝石や骨董の譲渡所得については、譲渡価額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除（５０万円を限度とする）として計算し、もし、その高額資産の所有期間が５年を超える場合はその１／２（所有期間５年以下の場合は１／２不可）の金額を事業所得や給与所得などと合算して所得控除（基礎控除　等）後、税率を適用します。そして、それぞれの算出税額を合計します。

１．譲渡代金の支払いごとに持分登記するのであれば、それぞれ別取引と考えて、３年に分けて申告すれば良いと思います。


実際に、ある税理士さんはそのように扱ったと聞きましたが、複数の税務署からは、まとめて申告で良いと言われました(親族共有の土地売却だったので、それぞれの住所地で相談した)。
契約書は1通×当事者人数分であり、相手方が一括で支払えないので3回分割払いとし、1回目で持ち分3分の1移動(残り3分の2は仮登記)、2回目支払い時は何もせず、3回目支払い完了で持ち分全部移動の契約です。
税務署からは、取引が終わってからで良い、でないと、まだ確定していないので途中でキャンセルになった場合は更生申告やキャンセル料の一時所得申告など様々な手続きが必要になるので…とのことでした。
ですので、現に上記の運用方法になっておりますので、ひとまず1. の質問は致しましたが、最後に一括して申告することを想定して質問しておりましたので、それを踏まえて2番と3番をご教授いただければ幸いです。

追記: 3の「基礎控除」は「特別控除」の誤りでした。

山林（土地）については特別控除はありません。ただし、山林（土地）上に杉や桧（立木）がある場合は山林所得として、立木のみの譲渡価額ー植林育成費（立木の譲渡価額×５０％）－特別控除５０万円として所得金額を算出し、５分5乗（山林所得÷５×所得税率×５）で山林所得の税額を算出します。