源泉徴収されていても確定申告で申告納税額が発生することはありますか？

持株会控除が源泉徴収の対象ではなく、確定申告で給与収入に含まれていれば追徴の可能性は考えられます。

回答します

　給与は年末調整済であった前提で説明します

　給与明細の「持ち株会控除」がなにを指すのか確認しないといけませんが、もしかすると「持ち株会」の持ち株購入の代金を控除（給与から天引き）しているものであれば、支出項目であるため、源泉徴収票上どこにも反映されていないと思います。

　給与以外の収入がないとのお話ですので、仮に「持ち株」関係が給与の収入に含まれていたとしても、「源泉徴収票」に給与の額として含まれているはずです。

　その上で、源泉徴収票に記載されたとおりの収入金額、各種控除を入力されたのであれば、寄附金控除で納税額が発生することはないと考えます。
　源泉徴収票の金額が正しく入力されているか、チェックをしてみてください。
　
　確定申告書の「オ」の金額は、源泉徴収票の「給与の収入金額」と一致していますか。
　確定申告書の「㉕」の金額は、源泉徴収票の「所得控除の額の合計額」と一致していますか。
　確定申告書「㊽源泉徴収税額」は、源泉徴収票の「源泉徴収税額」と一致していますか。

　チェックをお願いします。