営利を目的としない団体は（団体自体の）確定申告が不要であるか

「非営利」＝「非課税」だから、その団体は確定申告がいらないという人がいまだに多くいるというのは残念な気がします。

「非営利」とは「儲けてはいけない（だから非課税）」ではないのです。
「非営利」とは、「剰余金の分配を行ってはいけない（儲けを構成員に分配してはいけない）」という意味であって、非営利団体は「儲ける活動をしてはいけない（営利活動をしてはいけない）」ではないのです。

「非営利団体」と言えども、「寄付金」や「助成金」だけで事業活動かできるというのは現実的ではなく、販売行為や業務委託などを行って経費（給料など）を賄える収入を得ているところが多くあります。また、このような販売行為などを禁止する法体系にはなっていません。つまり、剰余金を分配さえしなければ営利活動を行ってもいいのです。

しかし、このような行為まで非課税としてしまうと、一般の企業との間で不公平が生じてしまいます。
そこで、法人税法では、そのような任意団体を「人格なき社団」として「法人」とみなし、営利行為を限定して課税対象とする（確定申告しなければならない）こととしているのです。このような営利行為を「収益事業」といいます。
「収益事業」には物品販売業など３４の事業があります。
ただし、この３４の収益事業に該当しなければ確定申告する義務はありませんので、残念ながら税務署等のチェック機能は働きません。だからと言って、収支明細が不要というわけではありません。活動している以上は求められてたらいつでも提出できるように決算報告は必要になります。

また、上記収益事業とは別に、「人格なき社団」は一般企業と同じ「法人」とみなされるわけですから、給料等を支払えば源泉徴収する義務が発生し、給料の支払を税務署や市役所に報告する義務も発生します。