転職先での年末調整。所得金額が間違っていました。

税務署で確定申告できます。正しくする、ことができます。
ご自身で記載できないなら、税務署に出向くか、税理士会などで２月に解説される無料相談所で相談すればいいと思います。
もちろん税理士に依頼することも可能です。
取り急ぎですが。

回答ありがとうございました。

税務署に相談した時点ではまだ12月でしたので、会社が訂正できる(今もまだ可能な時期ですが)時期だったので、その回答だったのでしょうか。

会社が訂正しない場合には税務署から指導は入るものの、個人の訂正はどうにもできず、確定申告の書類も突き返されると言われたもので、泣き寝入りするしかないのかと眠れない日々を過ごしておりました。
気持ちがかなり落ち着きました。

税務署としては、給与の支払者が正しく訂正することが、制度ですので、本来の正しい内容に、支払者側において訂正してもらうべきだ、という立場が第一です。時期的にも通常は対応可能な時期ではあったと思います。
しかし、そこが対応できないなのであれば、税務署への確定申告で救済的に対応するしか、最後は方法がありませんので、間違いであるということを示す資料を持っていき、相談して申告書の記載指導をしてもらって提出するか、ご自身で、書いて出してしまう、ということで対処するしかない、ということですね。
税務署では源泉徴収票は正しい、という建付けで行政が動いておりますので、直ちに対応しにくい問題なのです。
ご自身で税務署に出向いて対応してもらえない（説明を適切にできない、ということも含め）場合には、あとは税理士さんに頼んで対処してもらうしかないでしょう。

結果的に矛盾していると感じる部分から納得できずにいましたので、ご丁寧な回答、本当に助かります。
場合によっては色々と大変な事も多そうですが、頑張って解決を目指したいと思います。
ありがとうございました。