消費税還付金の仕訳について

納付した時の仕訳処理がわからないと回答できないご質問です。

税抜経理か税込経理かも必要になります。

決算時には以下のように仕訳し、確定しました。
借方/仮受消費税
貸方/仮払消費税/未払消費税

その後、クレジットカードで支払い処理をしたので下記のように処理しました。
借方/未払消費税
貸方/未払金

その後クレジットカード会社からの引き落としで、普通預金口座から支払いました。
借方/未払金
貸方/普通預金

税務署から還付の連絡があり、数日後に還付金が預金口座に振り込まれるようです。

税抜経理で仕訳しています。。。

払戻しを受けた時　（借方）預金／（貸方）前期損益修正益
前期が免税事業者であったのに税抜経理をしているようですから、そもそも間違えており前期の法人税が過少申告になっていますので修正申告が必要です。
その上で、当期に払戻しを受けた時の前期損益修正益は、当期の法人税申告で減算します。

修正申告が必要なのですね。ありがとうございました。