一時所得について、困っています。

念の為ですが、払い戻しにかかる費用については、当選にかかる馬券ないし舟券のみが対象となります。例えば30点ボックスで30,000円購入して1点当選したとして、その費用は当たり馬券に対応する1,000円のみとなります。
今回、払い戻しにかかる費用が不明ということですが、どうしても費用が特定できない場合、その部分については費用を「0円」として計算せざるを得ません。ただし、その結果として所得が過大に計上される恐れがあるため、可能な範囲で銀行の出入金記録や個人的なメモ等で証拠を補強することがベターです。
メモとしては、「費用が不明である理由」と「できる限り正確に計算した過程」を記載しておきましょう。
ただし、税務調査に入られた場合、立証する責任はこちらにありますので、余程確実でない限りは0円での評価もやむを得ないかと思います。

一時所得の計算は、以下の様になります。
収入金額-支出した金額-特別控除額50万円=一時所得
一時所得x1/2=一時所得金額
他に所得がない場合、この一時所得金額が48万円以下であれば確定申告は不要になります。

調べても、その日に当該レースや場が見つからない場合、不明で処理して、払い戻し金だけでも記入して、処理してもいいでしょうか。

完全に不明な場合は払戻金を収入金額にして、支出した金額を0にせざるを得ないですね

調べたところ、7から8万ほど少ないように思います。。過小申告にはなりますが、無申告よりペナルティは低いですか。

払い戻し金が不明なレースが2つほどあります　
100円単位の払い戻し金で処理するか申告しないか悩んでいます。どちらがよいでしょうか。

正直わからないものは、私からは何とも言いようがないですね
何らかの理屈をつけて収入とするしかないかと
例えば、平均的な掛け金が200円として、その不明なレースの配当が4倍なので、収益を800円とする等