修正申告での白色から青色申告への変更可否

結論から申し上げますと、青色申告で修正申告はできません。
青色申告をするためには、所轄税務署に青色申告をしようとする年（今年から青色申告をする場合は、３月17日（通常は、３月15日）までに「青色申告承認申請書」を提出しなければいけません。
したがいまして、過去の年分については白色申告扱いとなります。

過去に開業届と「青色申告承認申請書」を提出しておりますが、その場合はどうでしょうか？

そうでしたか。それであれば青色申告で修正申告はできます。
ただし、納付額が変わらなければ修正申告をすることはできません。
修正申告の要件は、国税通則法第１９条第１項に規定されていますが、簡単に書くと下記になります。
（１）税額に不足額があるとき
（２）純損失等の金額が過大であるとき
（３）還付税金の額が過大であるとき
（４）納付税額が無から有になるとき

過去提出の白色申告だと納付額が無から有になることになるが、再提出する際は青色申告を行う予定であったため、結果納付額は無のままとなるため申告できない（しなかった）、ということが認められるという理解で良いでしょうか？万が一指摘されてもその旨説明すれば良いでしょうか？

そのとおりとなりますが、「青色承認申告申請書」を開業届と同時に出されているのであれば、申告をやり直せば（これを「更正の請求」といいます。」税金が戻ってくる可能性はあります。