一般口座での不動産ST償還時の確定申告について

日本の所得税は、原則としてすべての所得を合計して計算することになっています。これを「総合課税」といいます。
「一般口座のため確定申告を行うように」というのは、「総合課税に当たるためその他の所得と合算する必要があります」ということを指しています。
源泉課税はあくまで仮の所得税（予納）であり、確定申告によって累進課税による所得税を精算する必要があります。

なお、源泉課税には「源泉分離課税」という制度もあり、この場合は原則として確定申告する必要がありませんが、「一般口座」では「源泉分離課税」とはなっていませんので、確定申告により所得税を精算する必要があります。これによって、源泉所得税が還付になったり、又は追加納付すべき所得税が発生します。

また、「確定申告不要制度」といって、給与所得以外の所得金額が20万円以下であれば確定申告しないことができますが、住民税にはこの制度はありませんので申告は必要です。