都民税の還付金

申告金額と納付金額に差異があったということでしょうか？
申告上は10万円納付なのに、実際は11万円を納付したということでしょうか？

前期に税理士が１１万円で申告書を作成し、会社は１１万円で納付しました。あとで都税事務所から申告額が間違えているのでと１万円還付がありました。正しい申告額は１０万円です。税理士が申告書を間違えて作成したようです。（上記金額は例えです）

その際に修正申告はせずに、還付金で対応したということですね？
その場合別表4で減算したときに留保ではなく社外流出で処理すればよいので、そうすると別表5(1)では関係なくなります（留保される分だけが別表5(1)にきますので）。
また別表5(2)では全額支払った場合と同じ処理で問題ないかと思います。
どうぞよろしくお願いいたします。

別表5(2)では全額支払った場合と同じ処理で問題ないかと思います。
⇒言葉足らずだったので補足しますが、別表5(2)は申告及び納付が正しかったとした場合（還付金は考えなくてよい）の記載方法で良いと思います。
どうぞよろしくお願いいたします。

ありがとうございました。大変よくわかりました。