フリーランスが一時的に契約社員と掛け持ちする際の確定申告について

＞・個人事業主→契約社員で何か変更手続きは必要か。
個人事業と契約社員を兼業という形になるかと存じます。
よって引き続き個人事業主は継続されるかと思いますので、税務上は特に変更手続きはないと思われます。

＞・経費はその間計上できないのか。
契約社員が雇用契約であれば給与所得となりますので、当該雇用契約に関する経費計上という考え方はなくなります。（通常雇用されていれば、立て替えた経費を会社に精算する流れになりますので。）
代わりに給与収入に応じた給与所得控除が控除可能です。
（契約社員じゃない方の事業に係る経費は引き続き計上可能です。）
但し、給与所得者であっても、一定の特定支出が給与所得控除の1/2を超える場合は、超える部分の金額を控除できる制度がございます。
詳細は、下記国税庁HPをご参照ください。

＞・確定申告は今まで通りで問題ないか。
源泉徴収票の給与収入、源泉徴収税額等の情報を給与所得の欄に転記する流れとなります。

◆ご参考
・No.1410 給与所得控除
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1410.htm
・No.1415 給与所得者の特定支出控除
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1415.htm

早々にご回答いただき誠にありがとうございます。
経費に関してですが、契約社員分(一社)は計上せず、個人事業主分(一社)は計上しても問題はないでしょうか？

はい、個人事業の必要経費は計上可能です。
従来２社分の収入と経費を事業所得に計上されていたかと思いますが、
雇用契約以後は、契約社員分の収入は給与所得に、
個人事業分の収入と経費は事業所得に計上することになります。

助かりました。ご丁寧にありがとうございました。