副業の支払調書と帳簿のズレについて

　「売上」も「源泉徴収税額」も、どちらも「発生主義（1月～12月の間に報酬が発生したもの）」に揃えて申告するのが正しい方法です。
　おっしゃる通り、支払調書は「支払主義（実際に支払われた日）」で作成されることが多いため、12月発生・1月支払の分が含まれず、帳簿とズレが生じます。
　以下に、なぜそうなるのかと、具体的な対処法を整理しました。
1. 原則は「売上」と「源泉徴収」をセットで計上
　所得税のルールでは、その年の収入に対応する源泉徴収税額を、その年の所得税から差し引くことになっています。
　売上は、2025年1月1日～12月31日までに発生（仕事が完了）したものになります。源泉徴収税額は、前記の売上（1月～12月発生分）に対応する源泉徴収額になります。
　そのため、支払調書の金額（現金主義）をそのまま書き写すと、12月発生分の源泉徴収漏れや、前年12月発生分の二重計上などが発生し、正確な計算になりません。
2. 支払調書と金額が違っても大丈夫か？
　結論、全く問題ありません。
　支払調書はあくまで支払側（出版社等）が「この期間にこれだけ支払いました」と税務署に報告する書類であり、確定申告書に添付する義務もありません。税務署も、発生主義と現金主義による数か月のズレがあることは十分に把握しています。
3. やよいの青色申告（白色申告）での対応方法
　手元の帳簿（やよい）がすでに「発生主義」で正しく入力されているのであれば、以下の手順で進めてください。
　支払調書の数値は無視する～支払調書の金額ではなく、やよいの帳簿から集計された「1月〜12月発生分」の合計額を申告書に記載します。
　源泉徴収税額も帳簿から転記～毎月の売上入力時に源泉徴収税額も入力しているはずですので、その12ヶ月分の合計額を記載してください。
　計算の根拠を持っておく～万が一税務署から問い合わせがあった場合でも、「発生主義で計上しているため、支払調書とズレがあります」と説明できれば（毎月の請求書や売上明細があれば）何ら落ち度はありません。
　アドバイスとしては、もしやよいのソフトで「確定申告モジュール」を進める際、源泉徴収税額の入力欄で迷われたら、「1月〜12月の発生分（帳簿上の合計）」を入力するようにしてください。自分で計算（手打ち）することに不安を感じるかもしれませんが、「実態（いつ働いたか）」に基づいた帳簿の数字こそが正しい申告データです。支払調書に合わせるために帳簿を修正する必要はありませんので、自信を持ってそのまま発生主義で申告を進めてください。

山口勝己様

お忙しい中お答えいただきありがとうございます。
大変わかりやすく丁寧なご説明で、納得いたしました。それでは今年度の源泉徴収額は、支払調書をないものとして、きちんと手打ちで1月〜12月分を入力しようと思います。

そこでなんですが、こちらで重ねてのご質問になってしまい申し訳ないのですが、昨年度が初めての確定申告で、昨年度は売上をやよいでつけ続けた発生主義（1〜12月）、源泉徴収額はもらった支払調書の金額である現金主義（前年12月〜11月）で申告してしまいました。（←ズレたまま申告している）※売上自体は昨年度の半ばから発生しております。昨年度初めは売上がないです。
この場合、売上は正しく申告済みで、本来なら申告すれば戻ってくる源泉徴収税を少なく申告している（こちらが税金を多めに払っている）、という認識で合っておりますでしょうか。（所得税は課税所得金額195万円以下は5％、源泉は100万円以下は10.21％と、最初で多めに引かれているため）

今年は正しく発生主義セットで申告できると思いますが、去年の税金を少なく納めてしまったのかと不安になりました。もしこちらが税金を払い過ぎになっているだけであれば良いのですが、どうかご教授いただけましたら幸いです。

　経理方式は継続が原則なので、それを変更する年分は違和感があるかもしれませんが、今後きちんと発生で継続していけば仕方が無いかとは思います。
　なお、未申告の収入については、本来本年に含めるべきかもしれませんね。１３ヶ月分になってしまいますが、経理方式を直す場合にはよくあることです。どうしたらよいかは、所轄税務署に相談されるのが良いと思います。

税務署に用事がありついでに確認したら、支払調書は、発生主義で記載されるのが正しいそうです。
相手にその旨を話して、訂正してもらう方法が本来の姿らしいですね。

山口勝己様

わざわざありがとうございます。本当に大変助かりました。

未申告の収入はなく（売上は発生主義で全て申告済み）、源泉徴収ですでに支払っている税金を少なく申告しているだけなのですが、この場合も修正に行ったほうがよいのでしょうか？
税金を多く払っているぶんには問題ないかと思ってしまうのですが…。

何度も申し訳ありません。

なんともいえませんが、税金が戻るなら権利はありますから……
更正の請求という手続きになります

お答えしにくいことをお伺いしてすみません。重ね重ねありがとうございます。大変助かりました。

参考になって良かったです。よろしくお願いいたします。