譲渡所得の土地建物の取得費の計算の仕方です。

ご質問の件ですが、以下回答させて頂きます。

●確定申告の申告方法について
お父様とお子様、それぞれ分けて（個別に）確定申告を行う必要がございます。

所得税は個人単位で課税されるため、合算して申告することができません。
売却代金（2,000万円）や当時の購入代金（5,500万円）、および仲介手数料などの譲渡費用を、それぞれの所有持分（1/2ずつ）で按分し、各自がご自身の申告書を作成して提出することになります。

●取得費の計算（土地と建物の区分）について
ご認識の通り、国税庁の「建物の標準的な建築価額表」を用いて建物の取得価額を算出し、総額（5,500万円）から差し引いて土地の取得価額とする方法で問題ないかと存じます。
売買契約書に消費税額や内訳の記載がない場合の合理的な区分方法として、実務上も広く認められております。

＜計算のステップと注意点＞
１、建物の新築時価額の算出: 取得年（平成7年）と建物の構造（木造・鉄筋など）に応じた標準的な建築単価（1㎡あたり）に、延床面積を掛けて算出します。

２、土地の取得価額の算出: 「5,500万円 － 1で算出した建物の価額」が土地の取得価額となります。

３、減価償却費の控除（重要）: 譲渡所得の計算上、建物の取得費は「新築時の価額」そのままではありません。算出した建物の価額から、所有期間（平成7年～今年売却時まで）の「減価償却費相当額」を差し引いた金額（未償却残高）が、最終的な建物の取得費となります。

●その他の留意点（譲渡損失について）
購入額5,500万円に対し売却額2,000万円であるため、建物の減価償却を考慮しても、計算上は「譲渡損失（赤字）」になる可能性が高いかと存じます。

原則として、譲渡損失が生じた場合は税金がかからず、確定申告の義務もございません。
ただし、もしこの物件がご自宅（マイホーム）であった場合、一定の要件を満たすことで給与所得など他の所得と相殺できる「居住用財産の譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例」を受けられる可能性がございます。
この特例を適用して税金の還付等を受けるためには、確定申告が必須となります。
＊マイホームの買い替えなど対象となる場合は上記特例の要件をご確認ください。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

居住用財産の譲渡損失の損益通算・繰越控除の特例は、長期でなければならないため該当しません。
したがって、赤字であれば申告不要です。