国庫補助金等の総収入金額不算入と中小企業投資促進税制の併用

併用はできないです。なお、どちらか一方は利用可能と思われます。

国庫補助金の総収入金額不算入規定と特別償却は併用できます。
ご認識のとおり、取得価額は１０００万円から補助金３００万円を差し引いた７００万円となります。
根拠は措置法基本通達10の3-3（国庫補助金の粗収入金額不算入の適用を受けた場合の特定機械装置等の取得価額要件の判定）になります。

ありがとうございます。

また別の質問なのですが、
国庫補助金の総収入金額不算入の適用は強制ですか？
それとも個人の判断で良いのでしょうか？
減価償却をなるべく残しておきたい場合は適用しないほうがいいのではと思いました。

国庫補助金の総収入金額不算入の適用は強制適用ではなく、選択適用です。したがって個人の判断です。ただし、適用しないと受け取った補助金に課税されます。受取り年度に補助金を益金に算入してもなお税負担のメリットが享受できるならば、適用しないことも一つかと思います。

回答ありがとうこざいます。
よく理解できました。

こちらこそ、ベストアンサーにして頂きありがとうございます。
お役に立てて幸いです。