源泉徴収漏れを会社負担で納付した場合の確定申告について

　あなたは2025年分について「更正の請求」を行うことができ、それにより支払調書に記載された源泉徴収税額の還付を受けられると思われます。
　また、会社が負担した源泉徴収税額は、原則的にはあなたの追加の収入（報酬）として扱う必要があります。

1. 2025年分の更正の請求について
　更正の請求を行うことになります。本本来、源泉徴収税はあなたの所得税の前払いです。今回は委託元（会社）があなたに代わって税務署へ納付したため、あなたの2025年分の所得税は「すでに前払いされた状態」に変わりました。当初の確定申告では「所得税額0円、源泉徴収税額0円」で完了しているため、前払いされた源泉徴収税の分だけ税金を納めすぎている（還付されるべき）状態になります。そのため、訂正後の支払調書を基に更正の請求を行えば、会社が納付した源泉徴収税額があなたに還付金として戻ってくることになります。
2. 会社負担分の源泉徴収税額の扱いについて
　原則的には、あなたの追加の「報酬（収入）」として扱う必要があります。所得税法の考えですと、本来あなたが負担すべき源泉徴収税を会社が肩代わりし、あなたへの請求もしない（債権を放棄する）場合、その肩代わりされた金額は会社からあなたへの「追加の報酬の支払い（経済的利益の供与）」とみなされます。
　ここで注意が必要なのは、「いつの収入になるか」という点です。

　会社が「2025年分の支払調書」に源泉徴収税額を記載している場合：会社側は、2025年の報酬を「税込み（グロスアップ）の金額」に修正し、そこから源泉徴収したという形で2025年分の支払調書を訂正・提出している可能性が高いです。
　あなた側の対応：更正の請求を行う前に、必ず会社に「訂正後の支払調書の『支払金額』は、当初私が受け取った満額ですか？それとも会社負担分を上乗せした金額ですか？」を確認してください。もし「支払金額」が実際に受け取った額のままであれば、会社側の処理（グロスアップ計算）と矛盾が生じているか、あるいは会社負担分が「2026年（発覚した年）の収入」として処理されている可能性があります。

　書き切れなかったので、続きになります。

3. あなた側で必要となる申告・手続き
　あなた側で追加の納税が発生するかどうかは、会社側が「何年分の収入」として処理したかで変わります。
STEP 1：委託元（会社）への確認
　会社に以下の2点を確認してください。訂正された2025年分の支払調書の「支払金額」に、会社が負担した税金分は含まれているか（グロスアップされているか）。会社負担分は2025年の収入扱いになっているか、それとも2026年の収入扱いか。
STEP 2：確認結果に応じた手続き
　パターン A：会社負担分が「2025年の収入」として訂正調書に含まれている場合
　2025年分の「更正の請求」を行います。申告内容を、訂正後の支払調書に記載された「支払金額（収入）」と「源泉徴収税額」に修正します。所得税額が0円のままであれば、源泉徴収税額の全額が還付されます。
　パターン B：会社負担分は「2026年（今年）の収入」になる場合
　2025年分については、収入金額はそのままで「源泉徴収税額」だけを追加する内容で「更正の請求」を行います（源泉徴収税額が丸ごと還付されます）。会社が負担してくれた税金相当額は、2026年分の確定申告（2027年春に実施）の際に、業務委託の「収入」に上乗せして申告します。この場合、2026年分の所得を計算する際に追加の税金（納税）が発生する可能性があります。
　更正の請求の手続きの際に、所轄の税務署でどうすれば良いか相談されれば良いのかと思いますよ。事前予約制ですが、丁寧に教えてくれるはずです。