休眠会社の清算確定申告について

ご質問の件ですが、以下回答させて頂きます。

１、残余財産の分配手続きについて
ご認識の通り、口座に残っている250万円を持株比率に応じて各株主に分配することで問題ございません。
ただし、会社法の規定により、実際に分配を行う前に「債権者保護手続」を完了させる必要があります。具体的には、官報にて解散公告を行い、かつ知れている債権者には個別に催告を行う義務があります。この公告期間は「最低2ヶ月間」と定められており、たとえ負債がゼロであることが明白であっても、この期間が経過する前に残余財産を分配することは法律上認められていません。
まずはこの手続が済んでいるか（またはこれから行うか）をご確認ください。

２、分配金に対する税金（みなし配当）について
結論から申し上げますと、今回の分配金に税金はかからず、法人の源泉徴収義務もありません。
法人が残余財産を分配する際、分配額が「資本金等の額」を上回っている場合には、その超過部分が「みなし配当」として課税（源泉徴収）の対象となります。
しかし今回の場合、分配額（250万円）が資本金（1,500万円）を大きく下回っています。したがって、分配金の全額が「出資した元本（資本）の払戻し」に該当するため、みなし配当は発生しません。

３、株主側の税務上の取り扱い
株主個人の視点では、出資額（総額1,500万円）の一部（250万円）だけが戻ってきたことになり、差額の1,250万円は「株式の譲渡損失」となります。非上場株式の譲渡損失は、原則として給与所得など他の所得と損益通算することはできず切り捨てとなりますが、少なくとも今回受け取る250万円に対して所得税や住民税が課されることはありません。

４、今後の流れ
債権者保護手続の期間満了後、残余財産を確定させて株主に分配し、その「残余財産が確定した日の翌日から1ヶ月以内」に清算確定申告を行います。その後、法務局で「清算結了登記」を行うことで会社は完全に消滅します。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

16年前の時点で銀行口座に250万円が残っています。
それ以外は、資産も負債も何もありません。
資本金は1500万円で、株主は3名です。

残余財産の整理としては、口座に残っている250万円を
持株比率に応じて株主に分配するだけでよいのでしょうか。

分配して、結了の登記をするだけです。
後は何もない。

16年前の時点で銀行口座に250万円が残っています。
それ以外は、資産も負債も何もありません。
資本金は1500万円で、株主は3名です。

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残余財産の整理としては、口座に残っている250万円を
持株比率に応じて株主に分配するだけでよいのでしょうか。

分配して、結了の登記をするだけです。
もちろん申告はします。
後は何もない。

大変詳しくかつ分かりやすくご回答くださり、感激いたしました。誠にありがとうございます。
今後の手続きの流れも含め、とてもよく分かりました。
官報公告はすでに行っておりますので、2カ月たちましたら清算確定申告を行おうと思います。

なお、清算確定申告をする際の貸借対照表なのですが、
資本金1500万ではなく、分配額250万円を

(借方)資本金250万　(貸方)現金250万

として処理すればよいのでしょうか。
非常に初歩的な質問で恐縮なのですが、どうぞよろしくお願いいたします。

追加のご質問の件ですが、資本金1,500万円に対して現金250万円が残っている場合、帳簿上は過去の赤字（繰越利益剰余金のマイナス）が1,250万円ある状態です。
そのため、分配時の正しい仕訳は以下の通りとなります。

(借方) 資本金 1,500万円 / (貸方) 現金 250万円
/ (貸方) 繰越利益剰余金 1,250万円

なお、清算確定申告書に添付する「残余財産確定時の貸借対照表」は、この分配を行う直前の状態（資産250万円、資本金1,500万円、繰越利益剰余金△1,250万円）で作成します。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

追加の質問にも早々にご回答くださいまして、誠にありがとうございます。
始める前は完全に途方に暮れていた解散手続きですが、先生のおかげで道筋が見えてきました。
感謝しかありません。本当にありがとうございました！