ブラジル国籍主人、配偶者ビザ、船員

　ご主人・あなたともに日本の「居住者」に該当する可能性が極めて高く、外国客船からの給与について日本で確定申告をして税金を支払う義務が生じる可能性が非常に高いです。
　ご主人の課税関係について
1. 居住者・非居住者の判定（船員の特殊ルール）
　年間の大半を洋上で過ごす船員の場合、「勤務外の期間中、通常滞在する地が国内にあるかどうか」、すなわち「家族が暮らす生活の本拠（ベース）が日本にあるか」で判定されます。ご主人は配偶者ビザを取得して3月に来日し、乗船していない期間（9月末〜12月など）は日本のご自宅であなたと一緒に暮らす予定です。客観的に見て「生活の本拠は日本にある」とみなされるため、日本滞在日数が短くても日本の「居住者（非永住者）」に該当することになります。
2. 外国船での給与に対する課税
　日本の居住者（非永住者）となった場合、日本国内での収入だけでなく、海外から支払われた給与（国外源泉所得）であっても、日本国内に送金されたり、日本国内で受け取ったりした分は日本の課税対象になります。
　3. ブラジルで納税している点について（二重課税）
　乗船中の給与についてブラジル国籍だから等の理由でブラジルでも所得税を納めている場合、日本とブラジルの両方で二重課税になってしまう問題が生じます。この場合は、日本で確定申告を行う際に「外国税額控除」という制度を申請することで、ブラジルで支払った税金額を日本の所得税から差し引く（控除する）ことができます。

　あなた（奥様）の課税関係について
　あなたの場合も、ご主人と同様の理由で日本の「居住者」に該当し、確定申告を行う必要があります。
1. 居住者への該当理由
　あなたは4月中旬から8月頭まで乗船し、それ以外の期間（1月〜4月中旬、8月頭〜12月末）という年間の大半を日本で生活されています。住民票もあり、生活の本拠が日本にあることは明白なため、完全に日本の「居住者」となります。
2. 確定申告と納税の必要性
　外国籍の客船を運航する外国法人から支払われる給与には、日本の所得税の源泉徴収（天引き）がされてい無いと思われます。そのため、乗船期間中に得た給与の全額を、日本国内の他の所得と合算してご自身で確定申告（所得税および住民税の申告）を行い、税金を納める義務があります。

　確定申告期間前に、上記内容での相当性と、用意する書類について、所轄の税務署へ相談（要予約）されることをお勧めいたします。