赤字の場合の確定申告忘れ

事業所得が赤字で他の所得もない場合、医療費控除をするメリットはないと思われますが、「医療費控除の書類を発行してもらう」とはどのような書類だったのでしょうか。
事業所得がマイナスで源泉徴収された税金がなく白色申告の場合には、確定申告をしなくても問題はありません。そのため、仮に今から申告する場合でも追加の税金がない場合には延滞税等のペナルティも生じないと考えます。

限度額認定証を発行しようとしました。保険料は払っているのですが他に足りないのでしょうか

赤字で税額が出なければ、確定申告は不要です。
今回のケースでは、市町村で住民税の申告が必要と思います。

ご連絡ありがとうございます。
ご質問の内容は高額療養費制度の限度額適用認定証のことですね。
こちらは所得金額によって自己負担額が変わる制度ですので、役所では所得金額が分からないために発行できなかったのではないでしょうか。
所得金額を明らかにするためには事業所得がゼロ（赤字）であっても確定申告の手続きが必要になります。所得に関する情報を役所が把握できれば、限度額適用認定証は発行されると思われます。
従って、期限後でありましても、確定申告をしていただくことが必要と考えます。
具体的な手続きにつきましてはお住まいの市町村役場（国民健康保険課）にお尋ねいただくのが宜しいと思います。
なお、前述しましたが、所得がゼロ（赤字）で追加の税金がない場合には、ペナルティ等は生じませんので心配されなくて宜しいと思います。