身内の名義を借りてビジネスをする場合の税金について

所得税は、実質所得者課税が原則です。
実質所得者として確定申告すれば、特に、問題はないと考えます。

ビジネス内容わかりませんが、名義というのはとても重要です。
3000万円の利益が名義人の所得とみなされるかもしれません。
また、名義人からご質問者様への2900万円の贈与とみなされるかもしれません。
問題になったときには、名義を借りた正当な理由を説明できなければなりません。

ビジネス内容はアフィリエイトなのですが、
身内の名義でアフィリエイト口座を開設
↓
利益が3000万円発生
↓
私が実際に広告運用をしたので、名義人から2900万円払ってもらう(外注したという形？)
↓
名義人は100万円で確定申告
私は2900万円で確定申告

これって問題ですか？わかりにくく申し訳無いです

なるほど、「外注したという形」というのは理由づけになりますね。
ただし、多額の所得でもありますので最終的に税務調査になった場合、どう判断されるかは明言できません。

その様に判断されて良いとも思います。

税務調査の際にトラブルならないように実際に税理士に会いに行って相談した方がいいですか？

その際には、税理士に相談されたら良いと考えます。