個人事業税は確定申告をしている場合は申告不要なのでしょうか？

初めまして、フレアタックスマネジメント代表の花澤と申します。
質問者様が、おっしゃっているように特別な場合を除き、事業税は事業所得から、２９０万円をさしひき、残額に税率をかけるという計算になります。
ただ、この事業所得とは、青色申告の特別控除（１０万円、６５万円）を控除する前の金額となります。
また、その年の途中から事業を始めた場合は、満額の２９０万円は控除できず、例えば７月から事業を始めた場合、
２９０万円ｘ6/12＝　１４５万円
という月割した金額しか控除できません。
また、事業税は都税などの役所が計算して請求してくるので、計算が間違っていると思われる場合は、都税などに問い合わせてみてはいかがでしょう？
もちろん計算が間違っていて、過払いしている場合は、還付されるはずです。