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年度またぎの場合の3000万円控除期限後申告

【背景】
2018年12月にマイホームの売却契約を締結、その場で手付金を受領し、2019年2月に引き渡しました。この際、売却益(諸費用を差し引くと300万円程度の利益、購入後3年での売却)が出ています。
e-taxで確定申告しようとしたところ、引き渡し日入力時にエラーが出たため、不動産会社に問い合わせたところ、確定申告は2020年に行うと聞いたため、2019年は確定申告を行いませんでした。
このたび、2021年1月に引き渡される新築マンションの購入を検討し始めました。
マイホームを「売ったとき」を契約時とし、新築マンション購入を引き渡し時とすると、新築マンション購入時の前々年度以前にマイホームを売却することになるので、3000万円特別控除と住宅ローン控除が併用できるのではないかと考えました。
しかし、2019年の申告期限は過ぎているため、期限後申告で3000万円特別控除を行った場合にペナルティが課せられないか不安です。
※所得税は年末調整後何もせず、2019年6月以降の住民税は通知に従い1年分納付済みです。転職に伴い一時的に普通徴収となったため。

【ご相談内容】
1.上記の場合、期限後申告をすれば、3000万円控除と住宅ローン控除の併用は可能でしょうか。
2.3000万円控除が適用でき、税額が0円となった場合に、所得税、住民税に何らかのペナルティが課せられることはありますか。(ペナルティが課せられることで住宅ローンの審査に影響することを危惧しています。)

以上、よろしくお願いいたします。

税理士の回答

1 併用はできません。
  新しい住宅に居住した年とその前後2年づつの計5年間に3000万円控除を適用する場合は住宅ローンの控除を適用することはできないこととされています。つまり、両方の控除の適用要件を満たしている場合はいずれかの選択になります。
 参考:国税庁タックスアンサーNo1213(住宅借入金控除)
2 2018年の分として期限後申告はできません。
  譲渡所得の申告は、引渡しのあった年の所得として申告するのが原則です。ただし、契約のあった年で譲渡があったとして期限内申告があったときはそれを認める取扱いとなっています。したがって、2018年の分として2019年の3月に期限内申告していない以上、2019年の所得として2020年の3月に確定申告することになります。

本投稿は、2019年08月28日 16時11分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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