重加算税を払うことになりますか？

過去の課税所得は増えますが、誤っていたのはお勤め先であり、会社が29年、30年分の年末調整のやり直しを行うことになります。
質問者様は、所得税、住民税の増差分は給与から天引きされるかもしれませんが、確定申告等を行う必要はございません。重加算税も課税されません。
給与については、税金に関する責任は会社が徴収義務者として負っています。
心配なさらないでください。

素早い返信ありがとうございます。

29年も30年も期限内に確定申告を済ませておりましたので、それらの資料をもとに、自分なりに修正申告をつくってみたら、やはり追納分が発生するようです。

この場合、税務署に修正申告を提出して追納分をその日に払えば、完了するのでしょうか？

また、課税金額が変わるため、後日、住民税の追納の納付書が来たりするのでしょうか？

ちなみに、まだ育休中ですので、追納分の天引きはできないか…と思われます。そうなると、やはり納付書がくるのでしょうか？

確定申告をされていたのですね。すみませんでした。
仰っている通り、修正申告を提出することになります。
まず、申告書の提出時までにご自身で所得税を納めます。後日、住民税の納付書がおくられますが、ご本人宛か会社宛か、自治体によって違いがありますが、自身で直接又は会社に支払うことになります。
所得税について、追加納税額にもよりますが、過少申告加算税、延滞税が発生します。ただ、最初の回答にも記載したように、会社のミスなのでペナルティ分は負担していただきたいところですね。しかし、年末調整で終わっていたら最初の回答通りであり、会社としても確定申告の有無までは、本人の問題であり知る由がないともいえます。
少しでも負担を減らすためには、ペナルティ部分の負担割合を、会社と相談するしかない事案になってまいります。
よろしくお願いいたします。

丁寧なご説明、ありがとうございました。さっそく修正申告を始めたいと思います。

ご返信ありがとうございます。一点お詫びですが、自主的な修正申告(税務署の指摘によらない修正申告)は、過少申告加算税は課税されません。延滞税のみ課税されます。一部訂正させていただきます。すみませんでした。