副業の確定申告をすると会社にはバレますでしょうか？

あなたの副業によるでしょう
確定申告するとき、「住民税・事業税に関する事項」に給与所得・公的年金等に係る所得以外の住民税の徴収方法を選択するところが有ります。ここで「自分で納付（普通徴収）」を選択すると会社で徴収される住民税が給与所得のみになります。すなわち副業が「給与」であれば、会社で露見する可能性が出てきます・・・会社の支払っている給与以外の給与がわかってしまうと言うことです。
事業所得や雑所得、不動産所得などは「自分で納付」を選べば会社にわからないと言うことです