家賃を滞納されて家賃収入が無い場合でも申告が必要なんですか？

ご質問者の方が個人事業主であることを前提に回答いたします。

取り扱いは下記になります。
①契約により支払日が定められている場合には、その支払日の年に家賃収入の申告が必要
②契約により支払日が定められていない場合には、実際に支払いを受けた年に申告が必要

①の場合でも、一定の申請書を税務署に提出していれば、入金があった日に収入を計上することになります。

賃貸借契約を確認していただき、①又は②のいずれに該当するか確認していただければと思います。

会社員で給与所得があり、家賃収入も事業規模でない場合はどうなるのでしょうか？

上記の取り扱いは、不動産所得の収入計上時期であるため、事業的規模でない場合も上記取り扱いになります。