自主修正申告と更生の請求

いずれも、当初申告の誤りに気づきご自身で税額の増減の訂正をする手続きです。
適正な申告にし直すわけですから、なんら問題はありませんが、税務署としては更正の請求については慎重に精査することになります。
必要に応じて、関係書類の確認調査もあります。

　 修正申告は修正前の申告に比して納税額が増加する場合に行います。それにより納税額が確定します。減額する場合は修正申告はできません。
　更正の請求は、請求前に比して税額が減少する場合に税務署に対して税額の減額を求める手続になります。請求に基づいて税務署が減額の「更正処分」をしないと減額が確定しません。また請求どおり減額を認めるかどうかも内容の審査結果によりますので確実ではありません。
　以上のとおり、税務署としては更正の請求の方が事務負担が大きいので処理に時間がかかるという印象をもつことになると思います。