過去の株式譲渡損益の確定申告について

脱税でない限り税務署が処分できる期間は過去5年分ですので、①のとおりの対応になると思われます。
税務署が脱税と判断するのは金額の大きさにもよりますので、③については金額次第としかお答えできません。

土師先生、ご回答ありがとうございます。
金額的に大きいというのは、例えば単年度或いは5年累計でいくら位という金額のイメージだけでも参考までにご教示いただけないでしょうか。
会社員の個人の者で、自分だとイメージすらわかないものですから。
何卒、宜しくお願い致します。

金額だけで判断するものではないので、いくらということはありません。申告をしなかった理由・状況も加味されます。
金額を定めてしまうとそれ以下は問題ないとされかねないので。

土師先生、ご回答ありがとうございます。
証券の特定口座の源泉徴収なしで、毎年の株式譲渡損益はせいぜい数十万円前後、過去通算するとむしろ損益はマイナスという状況です。
悪意があるどころか損失も繰り越せずむしろ損をしているのですが、脱税とみなされ、過去5年より前に遡って処分される可能性が高いでしょうか。
お考えをお聞かせいただけますと幸いです。
お忙しいところ恐れ入りますが、宜しくお願い致します。

所得が発生しているのになぜ申告していなかったのかということを問われます。どうせばれないだろうと思っていたのなら論外です。そういう人はたくさん見かけます。

税務署からのお尋ねが来たということは、所得が生ずる可能性が高いということを税務署が把握しているからで、とりあえず、過去５年分の資料を持って税務署に説明に行くことをお勧めします。
税務署の担当者の担当者がどうとらえるかはわかりませんが、ちゃんと説明することが肝心です。