事業所得について

職員とは税務職員ということでしょうか。
相談しながらの申告書作成で、事業所得の申告になったと思われます。
開業届を提出しないからといって事業所得にならないわけではありません。

2019年時に事業所得として50万円近く稼ぎ、経費は約10万円です。
その際に所得税、住民税、消費税はどうなりますか？

基礎控除額以外に控除額がなく所得が40万円であれば、38万円（住民税は33万円）を超えた部分に課税されます。
税率は所得税が5％、住民税が10％です。
消費税は課税事業者でなければかかりません。

この場合ですと、私は課税事業者になるという事ですか？

消費税の課税事業者は、前々年分の課税売上高が1000万円である事業者です。
毎年、収入が50万円ほどであれば課税事業者にはなりません。

もう一度確定申告を見直したのですが、2019年は無職だったので、クラウドワークスでの仕事を本業にしていたのと、1日だけ短期アルバイトしていたせいか、約51万円は事業所得でなく収入金額になっていました。

これも調べたんですけど、本来クラウドワークスで稼いだお金は所得金額の雑所得になるのですが、収入金額の事業所得になっていますが、この場合どうなるのでしょうか？
これは税務署が副業ではないと感じたからでしょうか？

「事業所得でなく収入金額になっていた」とはどういう意味でしょうか？
事業所得ではなく雑所得にしたいのであれば、修正申告（更正の請求）をしてはどうですか。
ただし、納付税額が変わらなければ修正申告はできません。