転職後の年末調整をし忘れた場合の確定申告

お疲れ様です。
年末調整をしていないとすれば、確定申告は必要です。
納付すべき年税額が精算されていないからです。
健康保険組合からの傷病手当金は、非課税所得ですので、確定申告には必要ありません。
確定申告は、年末調整されていない場合にはしなくてはなりません。
給与や源泉徴収税額の金額によっては、確定申告した結果、納税となる場合と、還付となる場合の、両方が可能性としてありますが、納付すべき年税額と、源泉徴収された所得税額の合計は一致していないので、精算する必要があります。
放置した場合、何かデメリットが有るか、ということについては、もし、計算した結果、納税額が足りない、納税の申告となる場合には、税務署から出頭要請がきて、申告納税を求められることがあります。
逆に、還付になるような場合には、税務署からは特にそういう連絡はないです。
税理士としては、放置することをすすめるわけにもいきませんので。
取り急ぎ回答とさせていただきます。

同一年に2か所以上の給与があって、年末調整がされていない場合には、確定申告を行う必要があります。
確定申告に必要な書類は、①9月で退職した会社からの源泉徴収票、②10月から勤務している会社からの源泉徴収票、③社会保険未加入であれば国民健康保険料・国民年金の支払証明（領収書）、④生命保険等控除証明書、⑤医療費の領収書などになります。

相談者様のケースでは、恐らく確定申告することで源泉税が還付されるのではないかと思われます。従って、申告しないことのデメリットとしては、還付される税金が還付されないということが考えられます。
万一、追加の納付となる場合において確定申告しておりませんと「無申告」扱いとなりますので、所得税本税以外に「無申告加算税」と「延滞税」が別途課されますのでご注意ください。

以上、宜しくお願いします。