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不要な確定申告を実施した場合について

会社員2年目で初めの確定申告でしたので理解至らずの内容で申し訳ないです。

会社員で年末調整も実施しておりましたが、会社の持株会で所有していた株をTOBのため売却しました。
口座に振り込まれたのが40万円オーバーだったので確定申告をしてクレカで税金を払いました。
しかし、後になって株式購入にかかった額を振込額から引いた上で20万以上であれば確定申告が必要ということを会社の先輩に聞いて知りました。この計算だと約10万になりました。
この場合どうすればいいでしょうか?
また、上記理由からふるさと納税のワンストップ用紙は持っていたものの確定申告をする予定でいたことからしておらず、合わせて確定申告時に申請しました。

上記のことから申請不要なものを申請して、本来還付金を受け取れるところ、余分に税金を払う手続きをしてしまいました。
恐れ入りますが、対処方法を教えて頂きたいです。

税理士の回答

(確定所得申告を要しない者から提出された確定申告書の撤回)
所得税基本通達121-2 申告書に記載されたところによれば法第121条各項の規定に該当することとなる者から提出された申告書で第3期分の税額が記載されているものにつき、これらの者から当該申告書を撤回したい旨の書面による申出があったときは、その申出の日に当該申告書の撤回があったものとし、当該申告書に係る既納の第3期分の税額を還付する。
(注) 1 申告書を撤回した者は、改めて確定申告書を提出するまでの間は、無申告者となることに留意する。
2 当該第3期分の税額に係る過誤納金については、その撤回の日に更正の請求に基づく更正があったものとして通則法第58条第1項《還付加算金》の規定を適用するものとする。

税務署へ電話で聞いた話は下記でした。
ふるさと納税の還付申請する場合は、20万以下の株式売却益でも申告し、課税を受ける必要があると言われました。
もし株式売却益の申請をしてなかった場合に税務調査で見つかった場合は、追徴課税みたいな話をされました。
前投稿の内容からすると、株式売却に対する確定申告を撤回し、再度ふるさと納税分だけ申請し直せばいいと言うことでしょうか?
そうすれば、納めてしまった税金は返還されますか?

確定申告をするのであれば、20万円以下のものも申告します。20万円以下のものについては、確定申告をしない場合が前提です。

今回の場合だとふるさと納税をワンストップ特例制度を使って実施していれば確定申告の必要がなく、税金追加納付も発生しなかった。
しかし、ワンストップ特例制度を使わなかったため、確定申告が必要となり、株式売却益の申請も必要。
この両者を比較すると後者は税金を支払わなければならないですが、両者内容的に見て同じなのになぜ後者だけ損する(追加徴収)制度になっているんでしょうか?

本投稿は、2021年03月29日 23時16分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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