確定申告数年分

個人の確定申告は、その年の1月から12月分の収支に基づき計算します（暦年です）。
過去に行った確定申告で計上していない経費があったならば、更正の請求という手続きでその年の計上漏れだった経費を追加して再計算を請求することが可能です。
この手続きは過去5年前まで可能です。
国税庁ホームページのQAも参考にしてください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2026.htm

白色申告でアルバイトみたいな感じで給与所得として会社から給料ももらい、源泉も引かれていると、経費は計上出来ないと右京税務署から言われましたが、どうなってますか？
よろしくお願い致します。

相談の前提として、「フリーランスで」とありましたので、個人事業者と判断して回答しました。
税務署の判断が給与となれば、差し引きできるのは「給与所得控除」のみとなり、家賃などの経費を差し引くことはできません。

個人事業主としてのやつもあるので、校正の手続きで出し直せばいいのでしょうか。
また、給与所得なら何が経費として計上できますでしょうか。
よろしくお願い致します。

申告手続き（更正の請求などを含む）は、その年のすべての所得に基づいて行います。
事業所得、給与所得があるならば、各々計算して合算することになります。
ご認識のとおり、最初に回答した手続きのとおりです。
給与所得に関しては、直前で回答したとおり、差し引くことができるのは給与所得控除のみとなります。
なお、給与所得者の特定支出控除という特例計算があります。リンクを参考に貼っておきます。いずれも給与支払者の証明が必要になります。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1415.htm