土地譲渡税の低未利用土地特別控除（１００万円）について

一旦通常の譲渡所得として申告されたということでしょうか。
一般的に特例適用の適用漏れは、更正の請求の理由に該当しないため、更正の請求できません。
該当条文を確認しましたところ、やむを得ない事情がないと特例適用はできなさそうです。

ただ、更正の請求ができない場合でも、超法規的措置として嘆願書を提出することで還付を受けられる可能性はあります。

更生の請求の件、ご連絡ありがとうございました。

通常の確定申告であれば、
土地譲渡税の低未利用土地特別控除（１００万円）というのは、年間で１００万円ということでしょうか。それとも一年の内に、２つの土地売買をすれば、２回（１００万円×２回）適用されるのでしょうか？　度々、すいませんがよろしくお願いします。」

条文を確認しましたところ、全部の低未利用土地に対して年間１００万円しか控除できません。
ちなみに国税庁ホームページでも試しに入力してみましたが、１００万円しか適用されませんでした。

ご連絡ありがとうございます。大変参考になりました。