米国ECサイトで商品を販売(2029Jan～) 。EIN取得。確定申告してないんです。どうしよう。

ご質問の方のように、時々海外税務について質問されている方がいらっしゃいますが、ここは本来日本の税法、税務実務に基づいて日本の資格を有する税理士が回答する場であると私は考えております。

私は米国税務の経験が少しあるので知る限りでお答えはできますが、本来専門ではありませんし、海外の資格もありません。ただし米国には日本の税理士法のような税務相談を税理士の無償独占業務とする法律はないので、可能な範囲で回答させて頂いております。

本題ですが、日本の申告ではなく、米国の申告、ペナルティについて心配なさっているとお見受けしましたが合っておりますでしょうか。

メールの内容だけですとなんとも言えませんが、個人事業主として米国で販売事業なさっていたのでしたら、日本人の日本居住者ですから日本の申告も（たとえ赤字でも）義務はあると思いますがいかがでしょうか。
消費税申告は海外ですから日本では問題とならないでしょう。おっしゃるようにアメリカのSales Taxの方は問題があるかもしれません。

EINを取得していないのに取引ができるものなのでしょうか。
EINは自分で取得できると、インターネットで検索すれば情報発信されている方がおられますが、私はお客さんの代行で取得したことがありますがそんなに簡単ではありません。
FAXで申請できるということですが、FAXですと内容に少しでも不備があれば放置されます。不備がなくても放置されるかもしれません。日本の役所のレベルで考えるといつまで経っても物事が進まない、ということになります。
結局電話で英語で話さないと手続きはなかなか進みません。

EINの取得もされていないということでしたら、苦言を呈するようですが、その先の米国申告やその他届出書提出、手続などご自身でなさるのは無理ではないでしょうか。
米国には、これこれの報告書を提出しなかっただけで個人なら1万ドル、法人んなら10万ドルの罰金が科せられることがある、とされるものが複数あります。

EINを取得しようとしたがそこまでに至らず、個人事業主としての取引にとどまっていた、とお見受けしました。

個人事業主としても、米国であればソーシャルセキュリティー番号やITINがなければ、様々な面で支障が出ると思います。
通常米国内で銀行口座開設もできません。税務申告もできません。