個人輸出業の売り上げの仕分けについて

1日分合算の売り上げから手数料がまとめて引かれて指定口座に円で1日一回売り上げが振り込まれます。口座への入金額を仕分けすればよいのでしょうか？

→売上や経費はご記載のように相殺するのではなく総額表示が原則です。
売掛金／売上高、支払手数料／未払金と収入、等と費用を分けて記帳します。

上記のようにした場合、販売アイテム一つ一つは会計ソフトに入力する必要はなく、販売履歴はcsvで保存しておけばよいでしょうか？

→上記の回答の通りなので、少なくとも1日分合算の上記の仕訳を会計ソフトに入力する必要があります。
1日分合算の販売アイテムの明細（証憑類）はcsvなど事後で内容修正ができるものではなく、修正ができない形式のものが必要です。