寄付金控除税額

ふるさと納税による控除額には所得に応じた限度があります。
文章のとおりであれば限度を超えてふるさと納税しているようです。
各ふるさと納税サイトでは限度額をシミュレーションできますが、それをしてみたうえでふるさと納税したのでしょうか。

どれぐらい損をしているのでしょうか？

詳細は分かりません。
ただ、100万円のふるさと納税額が限度額まで控除されるためには給与収入が3000万円ほどなければならないのではないでしょうか。