住宅購入時に両親から援助してもらったお金の贈与税について

その際、妻の両親から頭金を500万円ほど援助してもらいました。
義理の両親からの援助のため、贈与税がかかってしまうのでしょうか。
→ご理解のとおり贈与税が課税されてしまいます。

義理の両親のため住宅資金贈与の特例には当てはまらないのでしょうか。
→はい。ご理解のとおり特例の要件を満たしておりません。

また、2023年になってしまいましたが、
頭金でいただいたお金を借用していたお金とし、500万円を、義理の両親に返金した際は贈与がなかったことにはならないでしょうか。
→課税実務上は短期間で返金されていれば贈与税課税されていない実情はありますが、実行されるかは自己責任でとしか言いようがありません。
　贈与契約は成立していますので、今から借りてたことにするのは少々無理があろうかと思います。

住宅資金の贈与は、実の親でないと適用できませんので、相談者さまのおっしゃるとおり贈与税の課税対象となってしまいます。
よって、贈与契約を合意解除し、奥さまの親御さまにいったん返済することは可能でしょうか。
原則は贈与課税されますが、贈与税の申告期限までに返済し、その事実が明らかであり、果実を収受していない場合等の場合は、税務署長が認めれば課税されない取り扱いとなっています。
（参考通達）
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kobetsu/sozoku/640704/01.htm

分かりやすい説明ありがとうございます。
現時点で返済が厳しいので贈与税をしっかり支払いたいと思います。