住宅購入の頭金を妻名義の貯金から出す場合

購入やローンの契約者がご主人だけならば、登記もご主人のみにしなければなりません。
したがって、奥様の財産から資金を出せば、ご主人への贈与になります。

妻の口座から夫の口座へ資金を移して払い込む

と贈与税の仮装隠蔽とみなされるかもしれません。

奥様から資金を借り入れるのであれば、贈与にはなりません。
その際には、消費貸借契約書を作成のうえ、返済事績を残してください。

司法書士に依頼すると、実質的な資金を出した割合で不動産登記できる、と不動産仲介業者からは言われてますが虚偽の説明をされてるということでしょうか？
夫9割ローン、1割頭金妻負担です。
ローン契約者夫のみ。
不動産売買契約書の署名は夫のみです。
妻の資金を夫の口座に入れて業者へ振込です。

売買契約がご主人単独なのにもかかわらず、登記の持分割合を10分の9、10分の1にできるのですか。

そういうことでしたら仲介業者に虚偽説明を受けてるということですね。
ご丁寧にありがとうございました。