住宅等支援資金について

平成30年の贈与が頭金の100万円だけであれば贈与税の基礎控除額（110万円）以下ですので、そのまま単なる贈与として取り扱って問題ありません。

次の400万円に関しては一旦親御さんに返済していただき、改めて親御さんから奥様に住宅取得のための資金として贈与してもらってください。
その際にお二人の間で贈与契約書を作成しておかれると良いと思います。
返金に関しては親御さんが誤って送金したもので、受け取った側では贈与の認識が無かったので返済したということを記録しておけば宜しいと思います。

なお、住宅取得資金の贈与の特例は直系尊属（親や祖父母）からの贈与に限られますので、特例が使えるのは奥様になります。ご留意ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4508.htm

ご回答ありがとうございます。

もう１つ質問させてください。
入金されたのは夏ごろなのですが、
贈与契約書の日付は現在で大丈夫でしょうか？
年をまたいでしまっているので…

ご連絡ありがとうございます。
受け取った400万円は一旦返金したうえで、改めて今年の日付で贈与契約書の作成と贈与（送金）を実行してください。
住宅取得資金の贈与の特例は、贈与日の翌年3/15までに住宅を取得して居住するという要件がありますので、住宅の完成引渡しが平成31年末ですと、平成31年に贈与していただくことが絶対条件となります。

ご回答ありがとうございます。
そのように契約書を作るようにします。
税金のことは難しく不安でしたので、教えていただけてとても助かりました。
ありがとうございました。