94歳父から預かったお金は贈与になるのか。相続も含め対策を教えてください。

双方では、贈与の認識がないわけですから贈与にはなりません。
ただし、税務署がどう見るかは別です。
ご質問者様の預金口座に入金されていれば、贈与と疑われかねません。（ご質問者様の預金と一緒になっていると元金は分かるとしても、利息を区別することはできますか。）
税務署が口座の取引を調査するきっかけは、相続時です。
お父様が万が一の際に、税務署がお父様やご家族の預貯金口座を確認する可能性はあります。
預かり証を証拠として、預かっただけと主張してはいかがでしょうか。
預かったまま、相続時にお父様の遺産に計上しても構いません。
また、お父様の財産であることが分かりやすいようにお父様に返金しても良いでしょう。

早速のご回答、誠にありがとうございます。深夜早朝にご検討いただいたようですので、非常に感謝しております。

1．利息については、短期1年の500万と長期10年の定期500万があります。短期は1年確定なので分かっていますが、長期は途中解約すると元本割れの恐れがあります。
もし返金する場合、元本割れの場合、そのまま返金してもよろしいのでしょうか。それとも、最低でも1000万で返金しないといけないでしょうか。
2．また、返金せず運用していた場合、満期途中で相続が発生した場合、その利息の計上はどのように扱っておけばよろしいのでしょうか。
2．預かり証は、私の名前と捺印しか記入していませんが、今からでも父にも署名してもらった方がいいでしょうか。
いろいろお伺いして申し訳ございません。
よろしくお願い致します。

1.預かったのですから、元本割れであれば、そのまま返金して差し支えありません。
2.相続時点での利息計算を金融機関にしてもらい、その額を計上することになります。（相続時点での利息を含めた残高証明書を発行してもらうことになります。）
3.いいえ、そのままでいいです。

なお、お父様が万が一の時、相続税の申告納税が必要になりそうでしょうか。
もし財産額（当該預かり金を含めた額）が基礎控除額以下になりそうであれば、今年、当該預かり金を贈与契約して、相続時精算課税制度を活用されてはいかがでしょうか。
詳しくは国税庁HPを参考になさってください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4103.htm
3.