住宅資金贈与と預かり金を同時に入金されてしまった。内訳を示す書類は？

できれば別に入金をして頂いた方がいいかとは思いますが
書面を揃えておき、預かり金を返金すれば大丈夫だと思われます。
返金のさいは振込で履歴が残るようにする事を
お勧めします

預かり証の但し書きには、「○○（私の名前）の取得する住宅が省エネ住宅だった場合は贈与することもできるが、預金整理の為に一旦預けるものとする」と詳細を書いておくべきですか？

住宅が省エネ住宅だった場合は契約書を再度作り直せばと思いますが
まだ省エネ住宅の要件を満たす物件を購入されるか決まっていないと言う事ですが、要件の一つに
「贈与を受けた年の翌年3月15日までに住宅取得等資金の全額を充てて住宅用の家屋の新築等をすること。」
とありますが、クリアできますでしょうか？
どのような住宅を決めてからの贈与をしてもらってもいいのではないでしょうか？

親側も、地震後の耐震化工事・リフォームなど、資金繰りのため預金整理をしており、
そちらの手続きや見積もりで半年はかかるので、
要不要が未確定な500万は私に預けておきたいということでした。
そして既に振り込まれた後ですが、預かり金500万は返すことになりそうです。

これが贈与・（逆）贈与のように見られたくありません。
税のことを調べ始めて、不用意なやり取りをしてしまったと今更後悔しています…
せめて証明書類に不備のないようにしておきたいです。
アドバイスよろしくお願いします。

預かり証を保管しておき、ちゃんと返金しておれば問題ないかと
思います。
最初にもお伝えしましたが、明確な記録を残すためにも
振込で返金をお願い致します。

大変勉強になりました。ありがとうございました。