遺留分と贈与税について

贈与税は贈与される側である次男様が申告、納税することになります。
また、一般的に不動産よりも現金をほしがるのではないでしょうか。
次男様が納得するかどうかですね。
下記の方法も検討してはいかがでしょうか。
1.遺留分を考慮して遺言書を作成し直す。
2.生前贈与をしたとしても、相続時に遺留分侵害請求をされる可能性があるため、生前贈与と引き換えに家庭裁判所へ遺留分放棄許可申立をさせ許可を得る。

１の場合は、遺留分はこれだけです、として予め現金を渡すように遺言するのでしょうか。実際の遺留分より少なくすることは難しいでしょうか。長男は財産の総額がいくらかは知りませんが、実際遺留分を請求する際は全財産を長男に示さないといけないのでしょうか。
２の生前贈与というのは、長男へある程度の生前贈与をして遺留分放棄をさせるということでしょうか。

土地、家屋を次男が買い取る形も考えたのですが、それでは私の預貯金が増えるので長男に有利になっては困りますし、大変困っています。

先のメールで「次男様」は「長男様」の誤りでしたね。
1.予め現金を渡すわけではありません。
財産額は変動します。
現時点で相続時の相続財産額は確定することはできませんから、一般的には遺留分侵害請求を防ぐため、予定相続財産額の遺留分相当額以上を相続させるという遺言になります。
相続時に長男様が納得せず、遺留分侵害請求をした場合、全相続財産を開示しなければなりません。
2.そういうことです。

不動産は相続税評価額が財産額になります。
したがって、評価をしないと遺留分の算定はできません。
預貯金のみであれば、遺留分の算定はしやすいですね。

むしろ土地を長男に分けた方が良いのかもしれないですね。
遺留分請求というのは、どの財産を分けるかは兄弟間で話し合うのでしょうか。遺言には全ての財産は次男に継いでもらい遺留分請求しないようにと明記はしていますが、遺留分を請求された際にどのような処理になるのでしょうか。

また、長男には事あるごとに生活費など多大な援助をしてきました。これは若いころの生活費や留学費等なので金額を証明が出来ませんが、次男に比べ教育費も遥かに掛けてきました。それも遺言に書いたのですが、金額を証明できないと遺留分から除くことも出来ないでしょうか。

ご長男様は弁護士を立てて遺留分侵害請求をする可能性があります。
侵害があれば、遺留分を現金で精算します。

生活費や学費は余分な贈与ではありませんので、次男様より多いからといっていわゆる特別受益になるかというと難しいと思われます。

遺言に全ての財産を次男にと明記しないと土地の名義変更や銀行での手続きの際に長男の了解が無いと進まないと大変かと思いました。遺留分相当の現金を長男に渡すと追加で遺言書に書いた場合も銀行の手続きは次男単独では行えないのでしょうか。

遺留分相当の現金を長男に渡すという遺言は、正しい書き方ではありません。
また、追加で書くのではなく作り直すべきです。
例えば、全ての財産の1/4を長男へ、3/4を次男へ相続させるなどの記載が必要だと思われます。（これだと不動産の1/4も長男に相続されてしまいますが・・・）
正しい遺言書があれば、不動産の名義変更、預貯金解約がスムーズに行えます。
遺言書は自筆なのでしょうか。
是非、公正証書遺言の作成をおすすめします。
遺言についてあまりご理解されていないようですので、お近くの税理士、弁護士、司法書士等にご相談なさってはいかがでしょうか。