相続の際の、不動産の特例について教えて下さい。　賃貸にすると、却って損になりますか？

ご相談の文面からは事実関係がうまく読み取れませんでしたので、私の認識違いがありましたらご容赦ください。

ご両親名義の土地に、ご相談者様ご夫妻の家屋が存在し、現在はそちらにお住まいとのことですが、ご両親はどちらにお住まいなのでしょうか？
ご質問文の「相続時の居住用の特例」は、小規模宅地等の減額の特例のことと認識しましたが、この特例は、そもそも土地の所有者であるご両親がその場に住んでおられることが前提となります。
現在の住宅にご両親とご相談者様が同居されていて、相続でその土地をご相談者様が取得し、引き続きその住宅に住み続けるということであれば、相続税の計算上、居住用としての小規模宅地等の減額の特例が適用できます。（330㎡まで80％減額）

「家屋を賃貸しようと思っている」とありますが、ご両親名義の土地に、ご相談者様ご夫妻の家屋が存在し、その家屋が賃貸されている場合には、相続税の計算上、その土地に関しては評価の特例や減額の特例等は何も無いことになります。

土地と家屋がご両親名義で、ご両親がその家屋を賃貸される場合には、「貸付事業用」となり土地に関して小規模宅地等の減額の特例（200㎡まで50％減額）が適用できることになります。

私の認識違いがありましたら、再度ご投稿ください。
よろしくお願いします。

ご回答ありがとうございます。

もう少し、整理させてください。

当該土地・家屋は実家の隣接地ですが、両親は隣に住んでいますので、現状では特例は適用の余地がないのですね。

では、
１．父を代表社員として合同会社を設立し、私もその会社に所属し、その会社に私の名義分の家屋の５０％と、夫名義の５０％分を売却して、その会社が賃貸経営する場合はどうなりますでしょうか？　貸付事業用の特例が適用されますでしょうか？

２．夫名義の５０％分のローン残高は１０００万円弱、家屋の固定資産税納付書にある算定基準の評価額は全体で１０００万円でした。

この夫名義分を会社がローン残高相当額で買い取った場合、問題ありますでしょうか？

よろしくお願いします。

ご連絡ありがとうございます。
現状では確かに特例の適用はありません。

質問1.
土地の所有者であるご両親と、建物の所有者である会社とが、土地に関して「賃貸借契約」を締結し、土地の所有者であるご両親が毎年継続的に不動産賃貸による利益を得ている状況となれば、ご両親の所有する土地は貸付事業用の土地に該当します。
但し、土地の賃貸借契約を締結する際には、借地権の問題が生じますのでご注意ください。借地権認定課税の回避対策も同時に行うことが必要になります。

質問2.
会社が同族関係者から家屋を購入する時は、その時の適正な時価で購入することが必要です。固定資産税評価額と時価は異なります。
時価と対価（ローン残高）とに差額がある場合には税の問題が生じますのでご注意ください。