金庫株の実施により株価が下がるのでしょうか

買取価格によります。一般的には、貴殿の関与税理士さんの言う通り、売買後の株主さん（筆頭同族グループ）の株価は上がると思います。

早速にありがとうございます。
ただ、あまり理解ができません。
下記のように計算してみました。（実際の株数や株価ではありません）
いかがでしょうか。

発行済株式総数　1,000株
株価　　　　　　 100円/株
純資産総額　　　 1,000株×100円/株＝100,000円（A)

金庫株実施株数　 300株
金庫株実施により減少する純資産額　300株×100円/株＝30,000円(B)

金庫株実施後の純資産額 (A)－(B)　100,000円－30,000円＝70,000円
金庫株実施後の株価　　 　70,000円÷700株＝100円/株

追加です。叔父の自社株は、法人税法の時価という株価で買い取るとのことです。

純資産が資本金よりも高い前提で話していると思います。
法人税法上の時価で自社株買取する可能性が高いと考え、純資産価額と類似業種比準価額の間の価額で売買すると、純資産より安いので、残った純資産を残った株主の持ち株割合で割り算すると、自ずと、株価は上がっています。
貴殿が株価上昇により、何か不都合を抱えているのであれば、それをご質問されるべきだと思います（その場合は、連続質問ではなく、新しく別質問として新規質問入力にしてください）。