夫に預けたお金を相続税対象にしないためには

預けたお金であることが明らかであれば、ご主人の財産にはなりません。
ただし、預け先は会社だと想定されますので、会社としてはご主人のお金を受託したものとして処理しているはずです。また、年金もご主人に支払うという処理をしていると思われます。

その場合、預けたお金であるとすることは今後の課税関係を困難にすると想定されます。また、預託に関する契約違反の可能性もあるため、速やかに解消（一部解約）しておくべきだとするのが常識的です。

しかしながら、すでに年金を受け取ってしまっているため、現状のご主人のお金であることを甘受するか、正しい処理を会社に相談するか、いずれかの方法しかないと思われます。

以下のようなことをやっておくべきと考えます。

１，通帳・メモを整理し、「妻資金からの拠出」であることを一覧＋証拠で固める。
２，ご夫婦連名の覚書を作成する。
「退職積立のうち〇〇円は妻の資金によるもので、その部分の実質的所有者は妻である」
別紙で拠出一覧を添付
３，可能なら公正証書化を検討する。
４，今後の受取については、妻分相当額を妻口座に戻し、その性質（妻出資分の精算）を明記しておく。