税理士（相続税の申告）への依頼

お父様がご存知でないところでの使い込みであれば、それは弟さん（又は義理の妹さん）への貸付金になると考えます。
その場合には、お父様の相続財産になりますので、その貸付債権を弟さんが相続するものとし、それに見合う金額の遺産を相談者様が多めに相続するようにされてはいかがでしょうか。弟さんにとっては自身の債務と相続する債権が同一のものになるため、相続した時点で消滅します。
その内容で遺産分割協議書を作成して申告を済ませれば、未分割や修正申告といった問題は残らないと思います。

また、税理士資格のない職員さんが窓口担当となることはあっても、申告書そのものは必ず税理士が作成しなければなりませんし、作成税理士が署名することになっています。
恐らく、現在お願いされているところも、申告書の作成は税理士さんがなさっていることと思います。念のため申告書が完成し説明をしていただくときは、申告書に署名する税理士さんに説明して頂くようお願いされた方が宜しいと思います。

回答頂きましてありがとうございます。
父は施設に入所していた為関与しておりません。弟は「父の面倒を見ていたので、その対価であるから返さない。」との主張です。そもそもその預金を除いても、１０（弟）対１（私）位の相続割合を主張していますので、貸付金としては認めないと思います。
申告期限も迫っていますので、上記の件はあらかじめ税理士事務所にお伝えした方がよろしいでしょうか？
どうぞよろしくお願い致します。

仮に返さないとしても、無断で使用したお金に関しては後日の相続税の税務調査で問題となる可能性は極て高いです。
税理士さんには伝えておくべきと考えます。

早速、税理士事務所の方に連絡いたしました。
ありがとうございました。

先日はご回答いただきまして、ありがとうございました。
あれから税理士事務所に聞いたところ、弟からは父の死亡直前におろした預金があると聞いている、としてその金額（全体の不明金の1割程度）を現金として申告する。お二人で相談をして修正するなら早急にお願いします。とのことでした。そこで弟に連絡しましたが、特に問題視しておらず、もし重加算税等がかかっても自分が全部払えばいいだろうと言っています。
でも実際には、私にも半分の支払い義務が生じるのではないかと思いますがいかかでしょうか？
法的効力が無くても、「父の財産管理をしていた弟に一切の責任がある旨」の文書を作っておこうかと思いますが全く意味が無いでしょうか？
なお、遺産分割協議書は出来ていないので、未分割で近日中に申告の予定です。

申告漏れが後日判明した場合には、相続税の計算の仕組み上、申告漏れ財産を取得しない人の相続税も増加することになります。なお、重加算税は意図的に申告除外した人に関してのみかかってくるものと考えます。

責任の所在に関する文書が法的にどこまで有効かは判断しかねますが、兄弟間で後日協議する場合に無いよりは有った方がよいかもしれませんね。