自宅を新築する際の持ち分について、将来の相続税低減の観点で教えてください。

相続税の基礎控除額は5400万円ですね。
次のとおり、贈与税の配偶者控除、相続時精算課税制度の活用及び今後の生活費等による資産の減少などにより相続時の財産額をこの基礎控除額以内にすることが可能なのではないでしょうか。
1.贈与税の配偶者控除
今回の住宅取得において奥様へ2000万円までの控除が受けられる贈与をする。（住宅の全部または一部を奥様名義にする。）
2.相続時精算課税制度
将来、次男様へ相続時精算課税制度を活用し2500万円まで無税で土地を贈与する。

なお、詳細については、相続分野を得意とする税理士がシミュレーション業務（有料）を行っていますので、利用をおすすめします。

素早いご回答、ありがとうございます。
重ねて質問させてください。あまりよくわかっていないので、おかしな質問になってしまうかもしれませんが、その際はご指摘ください。
１．住宅取得に際して、妻ではなく次男への無税での贈与、ということはできないのですか？
　①妻が亡くなったときに子供たちへの相続が発生する。
　②ここだけの話、妻との微妙な関係がある。
２．ざっくばらんに言って、実態は私が新築資金を全額出していても、例えば半分は次男が出した、ということで、新築登記の持ち分で次男を５０％としておくことは問題がありますか？
３．相続時精算課税制度というのは私が亡くなった時の話ですか？
　遺言で次男に土地を贈与する、と残しておけばよいのですか？

1.今回の住宅取得で相続時精算課税制度により次男様への贈与を行うことはできます。
ただし、相続時精算課税制度は相続税がかからない方にとって有効な制度ですので、節税しながら資産を減少させることができる贈与税の配偶者控除もご提案させていただきました。
2.資金の半分は次男様への贈与となり贈与税がかかります。
不動産を取得すると税務署からその資金源泉についてのお尋ね文書が郵送されその回答をきっかけに税務調査に移行する可能性があります。
3.国税庁ＨＰを参考にされてください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4103.htm

相続対策をしておくことは大変重要なことで、ご質問者様がご検討されていることはたいへんすばらしいことです。
再度申し上げますが、税理士にシミュレーションを依頼されてはいかがでしょうか。