法定相続分によらない遺産分割での相続税について

最初に課税価格が１億円で法定相続人が兄弟３人の場合の相続税額を計算します。
　まず基礎控除額は3,000万円＋600万円×３人＝4,800万円ですから、1億円からこれを控除した5,200万円が課税遺産総額となります。
　次に相続税の総額を計算します。この場合税法は、この5,200万円を兄弟が法定相続分である3分の１ずつで配分したと仮定せよといいます。すると１人の取得金額はその3分の１である1,733万円です。そこでこれに相続税の所定の税率を乗じると、1,733万円×15％－50万円≒210万円となります。そしてこの３人分税額を合計して相続税の総額を210万円×3人＝630万円と算出するのです。
　最後にこの総額630万円を誰がいくら負担するのか、という話になります。その結論は、「これを各人が財産を相続した割合で按分する」というリーズナブルなやり方です。したがってＡさんが全体の40％（4,000万円）を取得したとすれば、Ａさんの負担は総額の40％である252万円。以下Ｂさんはその32％、Ｃさんはその28％の納付を要することとなります。
　以上が税法の規定による納税義務です。なお各人の相続税率についてのご質問ですが、上記の計算過程が示すとおり、全体財産に関しては累進税率が適用されますが、各人が取得する財産の多寡による税率には差がありません。
　さて、お話によるとどなたかが相続財産となるべき1,000万円を、事前に流用してしまっているとのことです。しかしこの1,000万円は、被相続人のその人に対する貸付金（これも相続財産）と理解します。したがって「遺産総額1億円」の事実には変わりはありません（むろん税額も）。
　なお仮に遺産が9,000万円とされ、かつＡさんが1,000万円の解決金という名の贈与を受けた場合には、当然に贈与税（税額は231万円）が課されます。これは相続財産が1,000万円減った場合の税の減少額150万円より多額となり、お勧めできません。
　いずれにしても、皆さんの円満な遺産分割協議の成立が望まれます。