証券の相続について

こんにちは、
相続財産としての有価証券の評価は、相続開始時期における評価額になります。相続税申告書の提出期限における評価額ではありません。
これは、相続開始以後は、分割協議が整うか、名義変更が行われたか否か以前に、包括的に相続人の皆さんの所有である、という考え方であり、相続開始時点で、相続人の方が取得していると考えますので、以後の価格変動は、相続税の申告には影響しない、ということになります。
取り急ぎ回答とさせていただきます。

結論的には、損金として計上できないことになります。
ところでご質問の「目減り分は損金として計上できるか」は、その有価証券の譲渡所得のお話であろうと思います。しかし税法は、相続における資産の継承は単なる名義の変更であって、譲渡ではないと認識しています（大昔の一時期には、譲渡とみなしていた時期もあったようですが）。
したがって相続においては、被相続人（亡くなった人）の購入価格がいくらであったかに無関係に、その資産の時価（相続税評価額）に対して相続税を課税します。ここで譲渡損益の発生する余地はありません。
ただし将来の譲渡所得の計算においては、被相続人の購入価格（仮に100円とします）はその資産を相続した人に引き継がれます。つまり相続人が以前にそれを100円で買っていたとみなされるわけです。
したがって、その相続人がその相続財産を将来70円で売却すれば、30円の譲渡損失が発生します。ちなみにこの譲渡損失は、同じ年に有価証券の譲渡益等が生じていた場合には､それと損益通算ができることになります。
繰り返しますが、相続した際の相続税評価額（仮に60円とします）は、この譲渡所得の計算には全く関係ありません。そこにおける40円の「目減り分」は相続税の計算においては無視されるわけです。