顧問料に上乗せの手数料は発生しますか？

皆様の顧問先で会計処理が複雑な場合は顧問料に上乗せの手数料が発生する
様な事はございますか？
　⇒　可能性はありますが、税理士によるとしかお答えできません。
　　　また、どの程度まで追加の報酬となるかも税理士によります。

　　　通常業務以外・・・当初顧問契約をした際の業務内容から著しく困難な案件や作業が増える場合や調査や評価が伴う場合は、追加報酬をお願いすることはあり得ます。

　　　当事務所でも、顧問契約を締結した際には月額顧問料と決算料を定めたうえで「特別な相談又は書類の作成及び税務調査立合等にかかる報酬は・・・別途協議するものとする」と定めております。
　　　そこで、業務内容が顧問契約した当初の業務内容から著しく困難な案件や作業などが増加した場合等は、別途報酬をいただくことがあります。
　　　
　　　

それぞれの事務所の料金表などによると思います。
年間仕訳数がかなり多く増えるケースでは、あり得ると思いますが、貴殿の会社で入力をされているようですから、入力の仕方指導を最初に１回、打ち合わせれば良いだけだと思います。
会社側で入力がグダグダになると、２倍時間がかかると考えているのではないでしょうか。
レベルが足りない事務所であれば、顧問変更するのも一考です。
本文、わかりやすく説明するために少し強い表現にしてあることをご容赦ください。
回答は以上とします。
回投入力中に、先に回答されておられる先生がありました。回答がダブっている部分はスルーして読んでください。もったいないので掲載しておきます。

ファンドラップ取引を行う場合、顧問料の上乗せは珍しいことではありません。

理由は、ファンドラップが単なる投資信託の購入に留まらず、複数のファンド・預かり金・報酬・信託報酬などが組み合わされた包括的運用商品であるためです。帳簿上は、評価損益や配分報酬、信託報酬控除後の入出金などを正確に仕訳する必要があり、会計処理が煩雑化する点が背景にあります。

多くの税理士事務所では、こうした投資関連取引を通常の記帳範囲外とし、月額顧問料に加算または別途処理料を設定しています。
もっとも、証券会社が定期的に明細をCSV形式で提供している場合は、社内処理も不可能ではありません。
結論として処理内容が複雑であれば上乗せは妥当、データ整備ができるなら自社処理も現実的です。

お返事が遅くなり申し訳ありませんでした。
様々なご意見いただきありがとうございます。
皆様にベストアンサーを付与できず心苦しいです･･･。

　　少しでもお役に立てましたら幸いです。