姉妹でハンドメイド販売

　現在の運営形態でも、実態に合わせて「共同事業」として所得を分け、それぞれで確定申告を行うことが可能です。どちらか一人が個人事業主にならなければならないという決まりはありません。
　ただし、税務署に対して「二人で事業を行い、利益を分配している」ことを証明・説明できる状態にしておく必要があります。
　1. 所得を半分ずつにする方法
　税務上の考え方は、売上から経費を引いた「利益（所得）」を、あらかじめ決めた分配割合（今回は折半）で分けることになります。
　「共同経営」の合意: 姉妹間で「売上から経費を差し引いた残りの利益を50%ずつ分配する」という合意（口頭でも可能ですが、メモや契約書があると確実です）があれば、それぞれの所得として計上できます。
　実態の証明: 税務調査などがあった際、一人の通帳に全額入っていても「これは共同事業の売上であり、○円は相方に支払った」と説明できれば問題ありません。
　2. 確定申告はどうすればいいか
　それぞれの所得（売上の半分から、経費の半分を引いた額）が一定額を超えた場合、各自で確定申告を行います。
　所得の計算:
　姉の所得 ＝（全体の売上 × 50%）−（全体の経費 × 50%）
　妹の所得 ＝（全体の売上 × 50%）−（全体の経費 × 50%）
　申告が必要な基準:
　姉（無職）: 基礎控除額の58万円を所得が超える場合、確定申告が必要です。
　妹（専業主婦・扶養内）: 所得が58万円を超えると夫の配偶者控除から外れます（配偶者特別控除への移行）。また、夫の会社の健康保険の扶養基準（一般的に年収130万円未満など）にも注意が必要です。
　3. 注意点と推奨される対応
　現在の「妹さんの通帳に全額入る」形でも申告は可能ですが、透明性を高めるために以下の対応を推奨します。
　収支内訳書の作成: 全体の売上と経費をまとめた帳簿を作り、最後に「利益の50%を〇〇へ分配」と明記しておきます。
　現金の受け渡し記録: 妹さんから姉さんに現金を渡す際は、必ず領収書を発行するか、銀行振込にして「支払いの証拠」を残してください。
　開業届の検討: 継続的に事業を行うなら、二人とも（あるいは代表者だけでも）開業届を提出し、節税メリットのある「青色申告」を検討するのも一つの手です。
　
　実務的に、例えば、あるものを購入した場合、その経費をお互いが負担していくのはかなり面倒ですし、めんどくさいと私は思うのです。「５０円のものを買ったから、２５円ちょうだい」と、現実的にできますか？私なら儲けの半分を給料で渡すことを考えますけど。。。

ありがとうございます。
妹が開業届を出す場合、何か注意しておく事はありますか？

　お姉様とは別居なんですよね？
　であれば、開業届出と同時に給与支払い事務所の開設届出と青色申告の申請をされた方が良いのかと思います。
　お金にせよ、雇用形態にせよ、しっかりと記録に残すことを考えておけば、大丈夫かと思いますよ。